濕地被稱為「鳥類的樂園」，有強大的生態淨化作用而有「地球之腎」的美名。濕地自然景觀連結了遠距離可賞鳥生態近距離可以觀察水筆仔、海茄苳、彈塗魚與招潮蟹等濕地生態系，在台南有許多地方可以就近觀察。

• 都會公園 仁德區
• 四草濕地 台江國家公園管理處
  • 位於鹿耳門溪與鹽水溪口，除有多種魚貝類外，紅樹林的種類與數量也非常豐富
    • 招潮蟹、彈塗魚¹⁾、鹹水吳郭魚
    • 海茄苳、五梨跤和欖李三種紅樹林植物
  • 竹筏港 ²⁾竹筏港溪雖不具運輸功能，但河道兩岸紅樹林形成美麗的樹林隧道，搭上生態解說船。

• 七股瀉湖
  • 七股黑面琵鷺生態展示館、黑面琵鷺賞鳥亭
  • 七股潟湖、六孔碼頭、南灣碼頭、網仔寮汕、赤嘴園
• 鹽水溪口濕地
• 茄定濕地 原是古蟯港內海，在古時是附近居民前往府城(台南)的重要航道，內海消失後，日治時期開發成鹽田，昔稱竹滬濕地，1991年因興建興達遠洋漁港而廢曬，廢棄鹽田逐漸變成野生動植物的棲地，夏季時鳥類在此繁衍，冬季更會吸引大量候鳥度冬，鳥類之調查記錄曾達141種，超過5,000隻，是台灣南端最大的候鳥度冬棲地，包含國際級保育鳥類黑面琵鷺，以及珍稀的小燕鷗、魚鷹、遊隼等鳥類，不時能在濕地看見其飛翔覓食的身影。

潟湖Lagoon是一種因為海灣被沙洲所封閉而演變成的湖泊，除了是天然的養殖場：魚、蝦、貝和螃蟹，具有防洪功能：可宣洩區域排水，因而很少發生水災，可保護海岸：由於外有沙洲的阻擋可防止颱風暴潮侵蝕沖刷海岸，有時可以改建為人工港。

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