由鄭成功咨議參軍陳永華將軍率軍北上拓墾，經由水路順著倒風內海之溪流汊港導引，進入赤山時，見當地之地理旺盛靈秀於此地安營(即現今赤山龍湖巖)，後來相傳因咨議參軍在夢中時聞鑼鼓之聲，領悟此地已有神靈佔地脈，遂再往西北邊遷營至恆安宮附近安營，並將護軍而來之湄洲媽祖神像安奉祀於所草建之土壁茅草屋內，接受軍民們參拜，除了能安定軍心外，更能撫慰陸續自福建沿海漳州、泉州等地渡海移居開墾赤山堡先民的精神依託，而明鄭先民初墾於此地，初始面積為六甲土地，陸續又開墾了二甲、五甲、七甲…等，因六甲位處中間的區域，後來此地就以六甲的名詞，成為本地的地名。